El Premio de Musicología Samuel Claro Valdés fue creado en 1998 por el Instituto de Música UC en homenaje al destacado musicólogo del mismo nombre, que trabajó en la institución desde 1982 hasta su fallecimiento en 1994. El premio está dirigido a personas con estudios en musicología, etnomusicología y disciplinas afines. Considera artículos científicos sobre música y/o músicos en América Latina, relativos a cualquier expresión musical y período histórico. Se realiza cada dos años y se aceptan artículos en español, portugués o inglés. El ganador o ganadora recibe un monto en dinero y el artículo ganador es publicado en Resonancias, la revista de investigación musical del Instituto de Música, indizada en Arts and Humanities Citation Index de Web of Science.
1998: Desierto
2000: Bernardo Illari
2002: Norberto Pablo Cirio y Alejandro Madrid (ex aequo)
2004: Evguenia Roubina
2006: Silvia Citro y Adriana Cerletti
2008: Guillermo Wilde.
2010: Bernardo Farías y Javier Marín López (ex aequo)
2012: Julio Mendívil
2014: Pablo Fessel
2016: Sydney Hutchinson
2018: Natalia Bieletto
2020: Desierto
2022: Leonardo Díaz-Collao (Chile) y Jesús Estévez Monagas (Ecuador) (ex aequo)